In het spijsverteringskanaal zitten vooral bacteriën die nuttig zijn voor het lichaam. Ze verteren voedsel, beschermen tegen infecties, houden de darmwand sterk en gezond en produceren vitamines en hormonen. Maar er zijn in de darmen ook vaak ziekmakende bacteriën, gisten/schimmels of ontstekingen aanwezig.
De samenstelling van de darmflora kan verstoord raken. Bijvoorbeeld doordat er elders in het lichaam (maag, gal, alvleesklier) iets mis is of door verkeerde of eenzijdige voeding of stress. Dan worden de taken van de darmflora niet meer goed uitgevoerd en gaan de schadelijke bacteriën en gisten/schimmels etc. de gezondheid ondermijnen.